雷達主機房位于塔樓頂二層，是整個雷達系統的核心機房，是防雷重點，具體措施如下：
雷達塔樓頂層平臺、7層地面和6樓地面混凝土內有上下兩層面板配筋，其鋼筋網格尺寸均為100mm*100mm（局部150mm*150mm），該層面板配筋經相互高密度的綁扎，并在兩端與圈梁鋼筋高密度的綁扎，為保證可靠電氣連接，將該上層鋼筋網的兩頭每隔1m與平臺圈梁主筋點焊一次，圈梁主筋與結構柱的主內筋焊接，頂層平臺四周的金屬護欄與圈梁主筋焊接（間距為1m）。
雷達機房的隔斷墻內設置φ6鋼筋網，網格為200mm*200mm，網格點焊接，在罩上不銹鋼絲網，四周采用4mm*25mm鍍鋅扁鋼鉚接成整體屏蔽網，并與雷達塔樓柱和梁內鋼筋多處焊接。
雷達機房采用金屬門、窗，并在窗上加設150mm*150mm的不銹鋼網格和不銹鋼絲網，鉚接成整體屏蔽網，并與預留接地點可靠電氣連接（焊接）。
施工時，各門在鉚接側上、下分別預留接地（4mm*40mm鍍鋅扁鋼）；各窗在左、右側的中間分別預留接地（4mm*40mm鍍鋅扁鋼），用于門框和窗戶屏蔽網的接地，同時金屬門做好跨接。
在機房頂部的4個角、兩長邊的中間分別設置預留接地，可直接在7樓底板鋼筋引出；在機房地面的4個角、兩長邊的中間和雷達設備配電柜就近處分別設置預留接地，可根據實際情況直接在地板鋼筋引出；這些預留接地點用于屏蔽網的接地、吊頂龍骨接地和等電位連接網絡的接地。
在機房內，用30mm*3mm的紫銅排設置M型等電位連接網絡。該等電位連接網絡與機房內各預留接地點及從弱電井引入的扁鋼緊固連接。機房內設置防靜電地板，防靜電地板下設置兩金屬橋架分別接至塔樓的強電井和弱電井。將機房的防靜電地板金屬支架、金屬橋架、金屬隔斷、配電設備的正常情況下不帶電外殼多點接入M型等電位連接網絡。各類金屬構件、進入機房的纜線的鎧裝層在進入機房處與等電位連接網絡做一次等電位連接。雷達設備與M型等電位連接網絡通過配電柜單點連接。
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